经典的oligo合成是从3'端到5'端，因此在5'端连接染料是明智选择。修饰5'端的试剂通常与oligo5'端的羟基反应。因此Dye单体是常用的5'端标记试剂，在DNA合成中不需要改变操作步骤。通常荧光标记的oligo是用浓氨水脱保护的。FAM, JOE, Dabcyl, TQ 或 BHQ-labeled oligos可以加热到55°C 在氨水中脱保护，但是TET 和 Cy3 标记的oligo不太稳定，只能在55°C稳定几个小时。HEX 和 Cy5 只能在常温中脱保护，并且参与的氨水必须马上洗掉。
荧光素标记: 这些荧光素单体不含有4,4’-dimethoxytrityl (DMT) 基团，一旦它们在5’端标记就封端了。
罗丹明标记: TAMRA具有吸光的性质，它的光谱与几类常用的荧光化合物重叠，例如：FAM, HEX, TET 和 JOE, 在双标的FRET探针中是个很好的受体，TAMRA 已经广泛用于荧光定量PCR，和其它分子诊断试剂。TAMRA 标记Oligo可以有两种方法。在标准的脱保护的情况下TAMRA明显不稳定的，它在氨水中降解。如果需要标准的脱保护方法oligo首先在3’端 或5’端标上氨基，然后用TAMRA, SE标记。TAMRA也可以直接标记 Oligo，可以用TAMRA-dT-CE phosphoramidite 取代其中的 dT，或者在3’端用3’端TAMRA CPG 。随后oligo 的脱保护可以用碳酸钾的甲醇溶液脱保护，也可以用 1:1:2 t-butylamine/methanol/water 来脱保护。
淬灭基团的标记: 淬灭基团可以吸收紫外光但是不发荧光，通过FRET用来构建TAQMAN探针。常用的淬灭基团有Dabcyl, BHQ, TQ, TAMRA等。.